Program Studi Pascasarjana S2 Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Tanjungpura Pontianak (selanjutnya disebut Prodi S2 Kimia FMIPA UNTAN) resmi berdiri pada tanggal 13 Oktober 2011 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 233/E/O/2011 tentang Penyelenggaraan Program Studi Kimia (S2) pada Universitas Tanjungpura. Selanjutnya melalui Keputusan Rektor Universitas Tanjungpura Nomor 824/H22/DT/2012 dilakukan pengangkatan Pengelola Prodi S2 Kimia untuk masa jabatan 2012-2016. Pada semester gasal tahun akademik 2012/2013 Prodi S2 Kimia mulai menerima mahasiswa baru.

Pada tahun 2014, Prodi S2 Kimia mendapatkan akreditasi pertamanya dengan peringkat C, yang ditetapkan melalui Surat keputusan Ketua Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor 469/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2014 tanggal 15 Desember 2014 yang berlaku hingga 14 Desember 2019. Selanjutnya pada tahun 2019, Prodi S2 Kimia melakukan proses re-akreditasi, dan berhasil memperoleh peringkat B sesuai SK Direktur BAN-PT Nomor 3438/SK/BAN-PT/Akred/M/IX/2019. Peringkat akreditasi yang didapat ini memungkinkan Prodi untuk melakukan proses pendidikan dalam menghasilkan lulusan yang dapat diterima di berbagai intansi/institusi pemerintah maupun swasta.

Secara akademik, Prodi S2 Kimia melaksanakan proses pembelajaran menggunakan kurikulum perguruan tinggi yang mengacu pada standar kerangka kualifikasi nasional Indonesia (KKNI) level 8. Sesuai dengan Permendikbud-Ristek RI No. 53 Tahun 2023 tentang Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi, beban belajar mahasiswa program magister adalah 54-72 satuan kredit semester (sks) dengan masa tempuh studi 3 (tiga) – 4 (empat) semester.

Mahasiswa Prodi S2 Kimia datang dari latar belakang pendidikan S1/D4 yang beragam, antara lain bidang Kimia, Fisika, Biologi, Teknik, Pendidikan Kimia, Pendidikan Fisika, Analis Kesehatan, Ilmu Lingkungan, Pertanian, atau bidang lain yang terkait. Proses pembelajaran didukung oleh dosen tetap sebanyak 14 orang dengan kualifikasi 13 Doktor dan 1 Profesor.